Installation de Amber9 sous Debian Wheezy

Amber est constitué de deux ensembles :

• des champs dédiés à la mécanique moléculaire pour la simulation de molécules biologiques
• un ensemble de programmes de simulation moléculaire

• une archive d'un TGZ, de nom Amber9.tgz et contenant à la racine tous les sources de Amber
• le droit d'écrire dans /opt

1. Préparation du répertoire d'installation :

   # Pour etre d'une originalite sans borne, l'installation de Amber9 sera dans /opt
   cd /opt
   mkdir Amber9
   cd Amber9
   tar xzf <RepertoireAmber9>/Amber*tgz
   export AMBERHOME=$(pwd)

2. Téléchargement des correctifs :

   wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all
   patch -p0 -N -r patch_rejects < bugfix.all

3. Nettoyage des archives :

   cd $AMBERHOME/src
   make clean
   cd ../test
   make clean
   cd ../benchmarks
   make clean
   cd ..

4. Configuration de la compilation et compilation :
   • En mode “série” :

     cd $AMBERHOME/src
     # sur plate-forme ia32 (Pentium4, SURTOUT NE PAS PRECISER -p4 comme propose !
      ./configure gfortran
     make -j 2 serial

   • En mode “parallèle” avec OpenMPI :
     • Installation des paquets OpenMPI nécessaire :

       apt-get install openmpi-common libopenmpi1.3 openmpi-bin libopenmpi-dev

     • Préparation de OpenMPI :

       export MPI_HOME=$AMBERHOME/src/openmpi
       cd $AMBERHOME/src
       mkdir -p openmpi/bin
       ln -s /usr/lib/openmpi/lib/ openmpi/lib
       ln -s /usr/lib/openmpi/include/ openmpi/include
       ln -s /usr/bin/mpif90.openmpi openmpi/bin/mpif90

     • Configuration de la compilation et compilation :

       cd $AMBERHOME/src
       ./configure -openmpi gfortran

     • Modification du config.h :

       cp config.h config.h.old
       cat config.h.old | sed -e "s/AMBERBUILDFLAGS=/AMBERBUILDFLAGS=\-I\$MPI_HOME\/include/g" > config.h

     • Compilation en mode parallèle :

       make -j 2 -e AMBERBUILDFLAGS=-I$MPI_HOME/include parallel

Pour son utilisation, vous pouvez consulter le "pied à l'étrier" rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim.