Installation de Amber9 sous Debian Jessie

Installation de Amber9 sur Debian Jessie

Amber

Amber est constitué de deux ensembles :

  • des champs dédiés à la mécanique moléculaire pour la simulation de molécules biologiques
  • un ensemble de programmes de simulation moléculaire

Préparation du système et compilation

Prérequis

  • une archive d'un TGZ, de nom Amber9.tgz et contenant à la racine tous les sources de Amber
  • le droit d'écrire dans /opt

Etapes de la compilation

  1. Préparation du répertoire d'installation :
    # Pour etre d'une originalite sans borne, l'installation de Amber9 sera dans /opt
    cd /opt
    mkdir Amber9
    cd Amber9
    tar xzf <RepertoireAmber9>/Amber*tgz
    export AMBERHOME=$(pwd)
  2. Téléchargement des correctifs :
    wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all
    patch -p0 -N -r patch_rejects < bugfix.all
  3. Nettoyage des archives :
    cd $AMBERHOME/src
    make clean
    cd ../test
    make clean
    cd ../benchmarks
    make clean
    cd ..
  4. Configuration de la compilation et compilation :
    • En mode “série” :
      • Installation des paquets de compilation nécessaires :
        apt-get install gfortran gcc bison
cd $AMBERHOME/src
# sur plate-forme ia32 (Pentium4, SURTOUT NE PAS PRECISER -p4 comme propose !
 ./configure gfortran
make -j 2 serial
  • En mode “parallèle” avec OpenMPI :
    • Installation des paquets OpenMPI nécessaire :
      apt-get install openmpi-common libopenmpi1.6 openmpi-bin libopenmpi-dev
    • Préparation de OpenMPI :
      export MPI_HOME=$AMBERHOME/src/openmpi
      cd $AMBERHOME/src
      mkdir -p openmpi/bin
      ln -s /usr/lib/openmpi/lib/ openmpi/lib
      ln -s /usr/lib/openmpi/include/ openmpi/include
      ln -s /usr/bin/mpif90.openmpi openmpi/bin/mpif90
    • Configuration de la compilation et compilation :
      cd $AMBERHOME/src
      ./configure -openmpi gfortran
    • Modification du config.h :
      cp config.h config.h.old
      cat config.h.old | sed -e "s/AMBERBUILDFLAGS=/AMBERBUILDFLAGS=\-I\$MPI_HOME\/include/g" > config.h
    • Compilation en mode parallèle :
      make -j 2 -e AMBERBUILDFLAGS=-I$MPI_HOME/include parallel

Utilisation

Pour son utilisation, vous pouvez consulter le "pied à l'étrier" rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim.

developpement/activites/integration/amber94jessie.txt · Dernière modification: 2015/03/27 18:24 par equemene