Amber est constitué de deux ensembles :
Amber9.tgz
et contenant à la racine tous les sources de Amber/opt
# Pour etre d'une originalite sans borne, l'installation de Amber9 sera dans /opt cd /opt mkdir Amber9 cd Amber9 tar xzf <RepertoireAmber9>/Amber*tgz export AMBERHOME=$(pwd)
wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all patch -p0 -N -r patch_rejects < bugfix.all
cd $AMBERHOME/src make clean cd ../test make clean cd ../benchmarks make clean cd ..
apt-get install gfortran gcc bison
cd $AMBERHOME/src # sur plate-forme ia32 (Pentium4, SURTOUT NE PAS PRECISER -p4 comme propose ! ./configure gfortran make -j 2 serial
apt-get install openmpi-common libopenmpi1.6 openmpi-bin libopenmpi-dev
export MPI_HOME=$AMBERHOME/src/openmpi cd $AMBERHOME/src mkdir -p openmpi/bin ln -s /usr/lib/openmpi/lib/ openmpi/lib ln -s /usr/lib/openmpi/include/ openmpi/include ln -s /usr/bin/mpif90.openmpi openmpi/bin/mpif90
cd $AMBERHOME/src ./configure -openmpi gfortran
config.h
: cp config.h config.h.old cat config.h.old | sed -e "s/AMBERBUILDFLAGS=/AMBERBUILDFLAGS=\-I\$MPI_HOME\/include/g" > config.h
make -j 2 -e AMBERBUILDFLAGS=-I$MPI_HOME/include parallel
Pour son utilisation, vous pouvez consulter le "pied à l'étrier" rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim.