Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- ressources:slurm4cbp [2016/02/05 16:53]
equemene
+++ ressources:slurm4cbp [2023/12/01 11:00]
equemene [Ressources du Centre Blaise Pascal]
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== Utilisation de Slurm au Centre Blaise Pascal ======
+====== Utilisation de Cluster@CBP avec Slurm au Centre Blaise Pascal ======
 ===== Ce qu'il faut retenir ! =====
-  * pour se connecter sur la passerelle de cluster : <code>ssh <login>@lethe.cbp.ens-lyon.fr</code>
+  * pour se connecter sur la passerelle de cluster : <code>ssh <login>@cocyte.cbp.ens-lyon.fr</code>
   * pour connaître les noeuds disponibles ou les queues : ''sinfo''
   * pour connaître l'état des tâches : ''squeue''
-  * pour effectuer une réservation en mode interactif : ''sacct -N <Noeuds> -n <Coeurs>''
+  * pour effectuer une réservation en mode interactif : ''srun %%--%%pty bash''
   * pour lancer une tâche définie par le script SLURM ''MyJob.slurm'' : ''sbatch MyJob.slurm''
-===== Introduction =====
+Comme "pense-bête" est disponible cette intéressante //[[https://slurm.schedmd.com/pdfs/summary.pdf|Reference Card]]//.
+===== Contexte : exécution de tâches "mode intéractif" ou "mode non connecté" =====
+Généralement, l'exécution d'un programme au CBP sur une machine se fait via un terminal en ligne de commande. Les tâches, listées dans un script, s'exécutent sur la machine hôte les unes après les autres. Se déconnecter de son terminal met fin à l'exécution de son programme. Avec **tmux** ou **screen**, il est possible de maintenir ses exécutions en se "détachant" de son terminal pour y revenir ensuite.
+Il est très profitable d'avoir un "soumissionneur" pour distribuer ses tâches à un ensemble de ressources disponibles, sans avoir à se connecter de manière individuelle sur chaque machine. L'exploitation de programmes parallèlisés s'exécutant de manière concurrente sur plusieurs coeurs d'une même machine ou sur plusieurs machines
+Le "soumissionneur" (ou //batch scheduler//) est un outil permettant l'exécution de tâches en //"mode non connecté"// ou en //"mode non intéractif"// sur un ensemble de ressources sans que l'utilisateur ait à choisir où et quand ses tâches vont être traitées.
+===== Ressources du Centre Blaise Pascal =====
 Le Centre Blaise Pascal dispose de plateaux techniques, notamment  des noeuds de clusters, destinés :
@@ Ligne 21: / Ligne 30: @@
 Le Centre Blaise Pascal n'a pas vocation à voir ses infrastructures utilisées :
   * pour de longs calculs de production (de l'ordre de la semaine)
-  * pour des calculs sur de très grands nombres de coeurs (de l'ordre du millier)
+  * pour des calculs sur de très grands nombres de coeurs (supérieurs à 1000)
 Pour ces deux exigences, le [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=documentation:clusters:accueil|PSMN
 dispose d'une infrastructure de production]].
-Les équipements accessibles via le soumissionneur SLURM sont 72 noeuds R410 répartis dans 2 groupes différents pour un total de 576 coeurs et 1728 GB de RAM.
+Les équipements accessibles via le soumissionneur SLURM sont 96 noeuds répartis de 4 types différents pour un total de 1888 coeurs et plus de 8 TB de RAM agrégées.
 | **Cluster** | **Marque** | **Modèle** | **Noeuds** | **Coeurs /Noeud** |**RAM /Noeud**|**Réseau GE**|**Réseau IB**|**Total Coeurs**|**Total RAM**|
-| **r410** | Dell  | R410 | 64 | 8 | 24Go | GE | IB | 512 | 1536 GB |
+| **c82** | Dell | C8220 | 64 | 8 | 128 GB | GE | IB | 1024 | 8192 GB |
-| **galaxy** | Dell  | R410 | 8 | 8 | 24Go | GE | IB | 64 | 192 GB |
+| **c61** | Dell  | C6100 | 16 | 12 | 24 GB | GE | IB | 192 | 384 GB |
+| **c82gluster** | Dell  | C8220 | 4 | 16 | 256 GB | GE | IB | 32 | 1024 GB |
 Ces clusters partagent exactement la même image de système, [[developpement:productions:sidus|Sidus]] (pour Single Instance Distributing Universal System), un système complet Debian intégrant tous les paquets scientifiques ainsi que de nombreux paquets de développement.
@@ Ligne 36: / Ligne 46: @@
 ===== Accès aux clusters =====
-L'accès aux clusters se fait via la passerelle ''lethe.cbp.ens-lyon.fr'', par le protocole SSH :<code>
+L'accès aux clusters se fait via la passerelle ''cocyte.cbp.ens-lyon.fr'', par le protocole SSH :<code>
-ssh -X <login>@lethe.cbp.ens-lyon.fr</code> ou via [[http://wiki.x2go.org/doku.php|x2go]] sur la même adresse. Il est donc préalablement nécessaire d'installer sur sa machine un client SSH ou x2go pour accéder à la passerelle.
+ssh -X <login>@cocyte.cbp.ens-lyon.fr</code> ou via [[http://wiki.x2go.org/doku.php|x2go]] sur la même adresse. Il est donc préalablement nécessaire d'installer sur sa machine un client SSH ou x2go pour accéder à la passerelle.
 En outre, cette passerelle n'est accessible que de l'intérieur de l'ENS : il est nécessaire de passer par la passerelle de l'ENS ''ssh.ens-lyon.fr'' ou par le Virtual Private Network par OpenVPN pour y accéder.
@@ Ligne 45: / Ligne 55: @@
 ===== Dossiers personnels =====
-Sur la passerelle ''lethe'', chaque utilisateur dispose de 3 espaces utilisateurs :
+Sur la passerelle ''cocyte'', chaque utilisateur dispose de 5 espaces de travail :
-  * un local dans ''/home/<login>''
+  * un **personnel cluster** dans ''/home/<login>''
-  * un général dans ''/cbp/<login>''
+  * un **personnel CBP** dans ''/cbp/<login>''
-  * un rapide dans ''/scratch''
+  * un **projets** dans ''/projects''
+  * un **//temporaire// rapide** dans ''/scratch''
+  * un **//temporaire// très rapide** dans ''/distonet''
-Le second correspond à l'espace utilisateur de ressources informatiques du CBP lorsqu'il se connecte :
+L'espace **personnel CBP** correspond à l'espace utilisateur de ressources informatiques du CBP lorsqu'on se connecte :
-  * aux 21 stations de travail de la salle libre service
+  * Toute machine de [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/python/forms/CloudCBP|Cloud@CBP]] notamment :
-  * à la station graphique 3D de la petite salle de réunion
+    * aux 22 stations de travail de la salle de formation du CBP
-  * aux machines à la demande SIDUS (Single Instance Distributing Universal System)
+    * aux 13 stations de travail de la salle de formation du département de biologie
-  * aux serveurs d'intégration, de compilation, de tests
-    * sous différentes architectures matérielles : x86_64, AMD64, ARM, (PowerPC, Sparc)
-    * sous différents systèmes 32 bits ou 64 bits
-    * sous différentes distributions Debian : Lenny, Squeeze, Wheezy, Jessie et Sid
 ===== Paramétrage de l'accès aux grappes de calcul =====
@@ Ligne 85: / Ligne 93: @@
 +-----------------+
 </code>
-  * Copie de la clé publique comme clé d'autorisation de connexion sans mot de passe :<code> cd $HOME/.ssh
+  * Copie de la clé publique comme clé d'autorisation de connexion sans mot de passe :<code>cd $HOME/.ssh
-cp id_rsa.pub authorized_keys</code>
+cat id_rsa.pub >> authorized_keys</code>
-  * Test de connexion locale : <code>ssh lethe</code>
+  * Test de connexion locale : <code>ssh cocyte</code>
+Normalement, on se connecte sans avoir à entrer un quelconque mot de passe.
 ===== Accès aux ressources =====
@@ Ligne 93: / Ligne 103: @@
   * connaître les ressources disponibles : commande ''sinfo'' et ses options
   * connaître l'état des calculs en cours : commande ''squeue'' et ses options
-  * lancer une réservation de machines en mode interactif : commande ''salloc'' et ses options
+  * lancer une réservation de machines en mode interactif : commande ''srun'' et ses options
   * lancer un calcul autonome (sous forme de batch) : commande ''sbatch'' et ses options
+Ce [[https://slurm.schedmd.com/pdfs/summary.pdf|résumé sur Slurm]] reprend les commandes importantes.
 ==== Connaître les ressources disponibles ====
 La commande ''sinfo'' permet de connaître l'état des noeuds gérés par le gestionnaire de tâches.
-=== ''sinfo -Nel'' pour toute l'infrastructure ===
 <code>
-Fri Feb  5 11:35:13 2016
+PARTITION  AVAIL  TIMELIMIT  NODES  STATE NODELIST
-NODELIST         NODES PARTITION       STATE CPUS    S:C:T MEMORY TMP_DISK WEIGHT FEATURES REASON
+r422          up   infinite      6  drain r422node[3-4,33,52,56,59]
-r410node[1-64]      64     r410*        idle   16    2:4:2      1        0      1   (null) none
+r422          up   infinite      1    mix r422node34
-r410node[65-72]      8    galaxy        idle   16    2:4:2      1        0      1   (null) none
+r422          up   infinite     12  alloc r422node[1-2,53-55,57-58,60-64]
+r422          up   infinite     45   idle r422node[5-32,35-51]
+r410          up   infinite     48  down* r410node[1-48]
+c82gluster    up   infinite      4   idle c82gluster[1-4]
+s92*          up   infinite     12   idle s92node[1-12]
 </code>
-La commande  fournit en sortie :<code>
+La colonne ''STATE'' renseigne sur l'état des machines. Par exemple :
-PARTITION AVAIL  TIMELIMIT  NODES  STATE NODELIST
+  * les noeuds du cluster **r410** sont tous éteints
-galaxy       up   infinite      8   idle r410node[65-72]
+  * les noeuds **r422node3** ou **r422node59** sont indisponibles à l'usage
-r410*        up   infinite     64   idle r410node[1-64]
+  * les noeuds du cluster **s92** de **s92node1** à **s92node12** sont disponibles
-</code>
+  * les noeuds **r422node1** ou **r422node64** sont utilisés pour des calculs
-==== Connaître l'état des calculs en cours qstat ====
-=== Pour connaître l'état général ===
+==== Connaître l'état des calculs en cours squeue ====
-<code>squeue</code>
-=== Pour avoir l'information sur une tâche particulière ===
-Pour connaître toutes les informations sur la tâche 9, par exemple, ''qstat -j 9''<code>
+=== Pour connaître l'état général ===
-</code>
+<code>squeue</code>
-On voit ainsi que la tâche a commencé le 5 février 2013 à 15h51 pour se terminer à 15h58 et qu'elle s'est exécutée sur 4 noeuds x41z.
 ==== Lancer un calcul autonome (mode batch) ====
-Il est possible de lancer un batch en précisant les paramètres (queue, environnement parallèle, etc) mais il est nécessaire de toutes façons de créer un script shell.
+Il est possible de lancer un batch en précisant les paramètres de soumission dans la commande en ligne mais il est de toutes façons nécessaire de créer un script shell.
-Autant créer un script de lancement GridEngine lequel sera utilisé pour déclarer tout d'un bloc.
+Autant créer un script de lancement Slurm lequel sera utilisé pour déclarer tout d'un bloc.
 === Lancer un batch séquentiel ===
-Le propre d'un programme séquentiel est qu'il ne peut pas se distribuer sur plusieurs noeuds.
+Le propre d'un programme séquentiel est que les commandes s'exécutent les unes derrière les autres. Dans le "vocable" de calcul scientifique, le //job séquentiel// s'exécute sur une machine et une seule, les tâches les unes à la suite des autres.
-Nous voulons exécuter le programme MPI ''MyJob'' sur 1 seul coeur, sur la queue des x41z.
+Nous voulons exécuter le programme séquentiel ''HelloWorld'' sur une des machines de la zone cluster du CBP.
-Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''.
+Nous voulons que le nom de fichiers de sortie soit préfixés de ''HelloWorld''.
 Le lancement de batch se fait par :
-<code>qsub MyJob.slurm</code>
+<code>sbatch HelloWorld.slurm</code>
 Le script de batch ''MyJob.slurm'' est le suivant :
 <code>
-# Nom du programme pour les sorties (sortie standard et sortie erreur Posix)
+#!/bin/bash
-#$ -N MyJob
-# Nom de la queue (ici, la queue des x41z)
+srun date
-#$ -q x41z
+srun echo "Hello world!"
-# Messages a expedier : il est expedie lorsqu'il demarre, termine ou avorte
+srun date
-#$ -m bea
-# specify your email address
-#$ -M <prenom>.<nom>@ens-lyon.fr
-#$ -cwd
-#$ -V
-# Lancement du programme
-/usr/bin/time ./MyJob
-exit 0
 </code>
+Le lancement de batch se fait par :
+<code>sbatch HelloWorld.slurm</code>
+Il est possible de préciser dans le script de lancement de nombreuses informations notamment :
+  * le nom des sorties du terminal ''STDOUT'' et ''STDERR''
+  * l'adresse de courriel d'expédition de message
+  * les ressources nécessaires à l'exécution
+  * l'usage exclusif d'une ressource (par exemple un noeud)
+L'ordonnanceur **slurm** dispose de centaines d'options pour paramétrer sa requête.
+Le script de batch ''MyJob.slurm'' est le suivant :
+<code>
+#!/bin/bash
+#
+# Definition du nom du job, apparaissant dans la colonne NAME avec squeue : facultatif
+#SBATCH --job-name=HelloWorld
+# Definition du fichier de sortie (stdout)
+#SBATCH --output=HelloWorld.out
+# Definition du fichier de sortie des erreurs (stderr)
+#
+# Avec exclusive, le noeud est reserve dans sa totalite
+#SBATCH --exclusive
+#
+#SBATCH --mail-type=END
+#SBATCH --mail-user=mon.nom@mon-site.mon-pays
+srun date
+srun echo "Hello world!"
+srun date
+</code>
+<note important>Suite de la documentation en construction</note>
+=== Réservation de ressources ===
+Pour l'instant, la réservation de ressources n'est possible que sur les noeuds, les coeurs et la mémoire sur les clusters du CBP.
+Voici un exemple de soumission slurm pour réserver un total de 64 coeurs sur un unique noeud
+=== Lancer un batch parallèle sur plusieurs coeurs ===
+Nous voulons exécuter le programme parallélisée ''MyJob'' sur 48 coeurs sur une machine de la queue **s92**.
+Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''.
+Nous créons le script suivant sous le nom (très original) de ''MyJob.slurm'' :<code>
+</code>
+Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''sbatch ./MyJob.slurm''.
+La commande d'examen des tâches en cours ''squeue'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte.
 === Lancer un batch parallèle ===
@@ Ligne 170: / Ligne 229: @@
 Nous créons le script suivant sous le nom (très original) de ''MyJob.slurm'' :<code>
-# Nom du programme pour les sorties (sortie standard et sortie erreur Posix)
-#$ -N MyJob
-# Nom de la queue (ici, la queue des x41z)
-#$ -q x41z
-# Nom de l'environnement parallèle avec le nombre de slots : x41zhybrid avec 32 ressources
-#$ -pe x41zhybrid 32
-# Messages a expedier : il est expedie lorsqu'il demarre, termine ou avorte
-#$ -m bea
-# Adresse electronique d'expedition
-#$ -M <prenom>.<nom>@ens-lyon.fr
-#$ -cwd
-#$ -V
-/usr/bin/time mpirun.openmpi -np 32 -mca btl self,openib,sm ./MyJob
-exit 0
 </code>
-Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''qsub ./MyJob.qsub''.
+Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''sbatch ./MyJob.slurm''.
-La commande d'examen des tâches en cours ''qstat'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte.
+La commande d'examen des tâches en cours ''squeue'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte.

ressources/slurm4cbp.txt · Dernière modification: 2023/12/01 11:00 par equemene

Rechercher

Translations

Piste:

Boîte à outils