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recherche:projets:phoenix [2019/06/04 11:45] cicaluga [Modélisation de l’atmosphère des étoiles et des planètes] |
recherche:projets:phoenix [2020/10/09 10:38] cicaluga [Contribution du CBP] |
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Dans le cadre de ce projet, nous apportons un support en informatique et calcul scientifique : | Dans le cadre de ce projet, nous apportons un support en informatique et calcul scientifique : | ||
- | * installation/tests/optimisation dans les environnements PSMN | + | |
- | * expertise dans le cadre du développement et de l’utilisation du code, et en particulier dans l’écriture et l’interaction des scripts complexes et multi-shells | + | * Adaptations et déboggage de la programmation du script de lancement (~3000 lignes) écrit en shell ksh ; mise en cohérence et couplage des scripts complexes et multi-shells |
- | * un soutien régulier à la réalisation des simulations avec le code PHOENIX | + | * Déboggage et analyse du processus de compilation des modules du code (p.ex. colors_dwarfs, run_colors) pour régler les problèmes de dépassement mémoire |
+ | * Correction des fichiers de configuration de l’environnement du poste de travail | ||
+ | * Redéfinition du script de démarrage de l’environnement et intégration dans les scripts de gestion des simulations et de soumission du code | ||
+ | * Export de l’environnement sur une architecture multi-noeuds dans le cadre du système de batch SGE | ||
+ | * Prescription de l’utilisation des modules optimisés (compilateur Intel, distribution MPI, bibliothèque MKL) | ||
+ | * Mise en cohérence de la prescription des ressources allouées et optimisation de l’usage des coeurs de calcul dans le cadre de l’enchainement des soumissions | ||
+ | * Edition des liens pour les bibliothèques mathématiques | ||
+ | * Redéfinition des chemins de recherche des modules et meilleure utilisation des wrappers MPI, vérification des diverses options d’exécution MPI (notamment sur les protocoles de communication inter-processus, sur la distribution des processus, sur le fichier hostfile) | ||
+ | * Recherche des diverses erreurs et adaptations à une architecture parallèle dans les scripts de lancement du code, tests de fonctionnement après déboggage | ||
+ | * Ajustement de la quantité de mémoire virtuelle des processus pour exécuter les simulations de plus grande taille | ||
+ | * Analyse des fichiers de log pour résoudre des problèmes d’IO sur le système de fichiers parallèle (/scratch) | ||
+ | * Conseils à l’utilisation des nouveaux scratch, à la migration des données et à la mise en place d’une solution temporaire avec l’utilisation de /home | ||
+ | * Suivi de jobs en vue des diverses optimisations sur l’usage des ressources et adaptations aux limitations imposées par la machine ainsi qu’aux nouvelles filles de soumission | ||
+ | * Assistance et aide à l’utilisation d’outil de monitoring de job et des ressources | ||
+ | * Déboggage des problèmes de lecture de fichiers, formalisation des diverses pistes de résolution | ||
+ | * Installation/tests/optimisation dans les environnements PSMN | ||
+ | * Expertise dans le cadre du développement et de l’utilisation du code, et en particulier dans l’écriture et l’interaction des scripts complexes et multi-shells | ||
+ | * Un soutien régulier à la réalisation des simulations avec le code PHOENIX |