Différences
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recherche:projets:dilipimol [2014/01/10 17:22] equemene créée |
recherche:projets:dilipimol [2015/01/07 10:04] |
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| - | ====== Structure et Dynamique de membranes lipidiques à l'échelle moléculaire ====== | ||
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| - | {{:recherche:fdilipimol.jpg?nolink&200 |}}Institut Lumière Matière (UMR 5306 CNRS/UCBL) : Claire Loison, Alexandru Botan, Kerstin Falk, Laurent Joly\\ | ||
| - | Centre Blaise Pascal : Emmanuel Quémener | ||
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| - | Presque toutes les cellules des organismes vivants sont entourées de tres fines membranes flexibles qui les séparent de l'environnement, et régulent la diffusion des ions et des molécules à travers elles. | ||
| - | Ces membranes sont formées d'un film de lipides extrèmement mince, qui ne fait que deux molécules d'epaisseur ! | ||
| - | Ces membranes cellulaires ont un rôle clé dans de nombreux processus biologiques, et sont donc l'objet de nombreuses études en chimie, physique, biologie,... | ||
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| - | Dans ce projet de recherche nous nous intéressons au détail moléculaire de la structure et la dynamique de telles bicouches lipidiques. Nos études théoriques sont basées sur des simulations numériques, qui décrivent les trajectoires | ||
| - | des molécules au sein des bicouches. De telle simulations permettent aussi de décrire comment ces membranes lipidiques | ||
| - | interagissent avec les molécules de leur environnement biologique, comme des stérols, des sucres ou des protéines. | ||
| - | Ce projet est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (projet BIOLUB). | ||
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| - | Les simulations par dynamique moléculaire que nous utilisons décrivent les trajectoires de chacun des atomes : | ||
| - | des centaines de millions de positions sont calculées pour des millions d'atomes. Ceci n'est possible que grace à | ||
| - | des ressources de calcul importantes. Ces dernières années, plusieurs codes de dynamique moléculaire ont été adaptés afin d'exploiter les potentialités naissantes des processeurs graphiques (GPU) en calcul numérique, mais l'utilisation de ceux-ci nécessite un savoir faire technique. | ||
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| - | ====== Contribution du CBP ====== | ||
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| - | Emmanuel Quemener, du Centre Blaise Pascal, nous aide à mettre en place de tels calculs, à tester différents processeurs et différents logiciels de dynamique moléculaire fonctionnant avec des GPU (LAMMPS, NAMD, ...) sur des simulations de membranes biologiques. | ||