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Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images
Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss
Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau
One of the main issues of quantitative imaging is the correct cellular level segmentation of 3D images of plant tissues, issued from confocal microscopy. The basic segmentation methods we use, are watershed combined with the level set method. The goal of the internship is to optimise and give an efficient implementation of the level set method.
Therefore, the student is invited to
study the used image analysis methods,
review the optimization and parallelizing techniques, applicable on the used level set segmentation
implement the method in C++, using the optimal parallelizing technique
deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms
Contribution of CBP
Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation
Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet
Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés
Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.)
Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet
Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires (par exemple, prise en compte du format de fichier .tif et inr.gz)
Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test
Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN.