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cicaluga [Contribution of CBP]
recherche:projets:biologiecel [2018/06/19 10:07]
cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images]
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   * [[developpement:​productions:​logiciels:​LevelSetMethod|Level Set Method]]   * [[developpement:​productions:​logiciels:​LevelSetMethod|Level Set Method]]
   * [[developpement:​productions:​logiciels:​AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] ​   * [[developpement:​productions:​logiciels:​AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] ​
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 +Publication : « Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method »,  Kiss A, Moreau T, Mirabet V, Calugaru C. I, Boudaoud A & Das P,  \\ 
 +Plant Methods, 2017 Dec 21; 13, 114, https://​doi.org/​10.1186/​s13007-017-0264-5
 ====== Contribution of CBP ====== ====== Contribution of CBP ======
  
   * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation ​   * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation ​
 +  * Adaptation du code pour permettre la prise en compte du format de fichier .tif
 +  * Expertise et adaptation du code pour utilisation sur de différents plateformes et architectures
   * Expertise au choix des méthodes numériques,​ programmation dans le cadre du projet   * Expertise au choix des méthodes numériques,​ programmation dans le cadre du projet
   * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés ​   * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés ​
 +  * Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.) 
 +  * Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet 
 +  * Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires  
 +  * Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test 
 +  * Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN.
recherche/projets/biologiecel.txt · Dernière modification: 2018/06/19 10:07 par cicaluga