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recherche:projets:biologiecel [2014/06/03 15:53] cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images] |
recherche:projets:biologiecel [2018/06/19 10:07] cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images] |
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ||
- | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss\\ \\ | + | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss\\ |
Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau | Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau | ||
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Ligne 15: | Ligne 15: | ||
* implement the method in C++, using the optimal parallelizing technique | * implement the method in C++, using the optimal parallelizing technique | ||
* deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | ||
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+ | * [[developpement:productions:logiciels:LevelSetMethod|Level Set Method]] | ||
+ | * [[developpement:productions:logiciels:AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] | ||
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+ | Publication : « Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method », Kiss A, Moreau T, Mirabet V, Calugaru C. I, Boudaoud A & Das P | ||
+ | Plant Methods, 2017 Dec 21; 13, 114, https://doi.org/10.1186/s13007-017-0264-5 | ||
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====== Contribution of CBP ====== | ====== Contribution of CBP ====== | ||
* Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | ||
+ | * Adaptation du code pour permettre la prise en compte du format de fichier .tif | ||
+ | * Expertise et adaptation du code pour utilisation sur de différents plateformes et architectures | ||
* Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | * Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | ||
+ | * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés | ||
+ | * Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.) | ||
+ | * Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet | ||
+ | * Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires | ||
+ | * Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test | ||
+ | * Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN. |