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recherche:projets:biologiecel [2013/06/19 08:16]
cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images]
recherche:projets:biologiecel [2018/06/19 10:07]
cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images]
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 +  * [[recherche:​projets|Projets soutenus]]
 +
 ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images =====
  
-{{:​formation:​stages:​stage_rdp.png?​nolink&​200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss+{{:​formation:​stages:​stage_rdp.png?​nolink&​200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss\\ 
 +Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau
  \\ \\  \\ \\
  
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   * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms   * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms
  
-Atomic-level computer simulation ​using molecular dynamics require high-performance computing infrastructures,​ such as the one of the PSMN/ENS de LyonWe are thus very grateful for the CPU time provided by the PSMNIn recent years the use of GPUs as computing units have become a very attractive alternative to CPUs. The CBP provides us access to several machines with GPU-acceleration. +  * [[developpement:​productions:​logiciels:​LevelSetMethod|Level Set Method]] 
 +  * [[developpement:​productions:​logiciels:​AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]]  
 +  
 +  
 +Publication : « Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales ​using the level set method »,  Kiss A, Moreau T, Mirabet V, Calugaru C. I, Boudaoud A & Das P,  \\  
 +Plant Methods, 2017 Dec 21; 13, 114, https://doi.org/10.1186/s13007-017-0264-5
 ====== Contribution of CBP ====== ====== Contribution of CBP ======
  
   * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation ​   * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation ​
 +  * Adaptation du code pour permettre la prise en compte du format de fichier .tif
 +  * Expertise et adaptation du code pour utilisation sur de différents plateformes et architectures
   * Expertise au choix des méthodes numériques,​ programmation dans le cadre du projet   * Expertise au choix des méthodes numériques,​ programmation dans le cadre du projet
 +  * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés ​
 +  * Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.)
 +  * Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet
 +  * Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires ​
 +  * Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test
 +  * Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN.
recherche/projets/biologiecel.txt · Dernière modification: 2018/06/19 10:07 par cicaluga