Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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recherche:projets:biologiecel [2013/06/19 08:14] cicaluga [Contribution of CBP] |
recherche:projets:biologiecel [2018/06/19 10:07] cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images] |
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| + | * [[recherche:projets|Projets soutenus]] | ||
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| ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ||
| - | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}One of the main issues of quantitative imaging is the correct cellular level segmentation of 3D images of plant tissues, issued from confocal microscopy. The basic segmentation methods we use, are watershed combined with the level set method. The goal of the internship is to optimise and give an efficient implementation of the level set method. | + | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss\\ |
| + | Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau | ||
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| + | One of the main issues of quantitative imaging is the correct cellular level segmentation of 3D images of plant tissues, issued from confocal microscopy. The basic segmentation methods we use, are watershed combined with the level set method. The goal of the internship is to optimise and give an efficient implementation of the level set method. | ||
| Therefore, the student is invited to | Therefore, the student is invited to | ||
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| * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | ||
| - | Atomic-level computer simulation using molecular dynamics require high-performance computing infrastructures, such as the one of the PSMN/ENS de Lyon. We are thus very grateful for the CPU time provided by the PSMN. In recent years the use of GPUs as computing units have become a very attractive alternative to CPUs. The CBP provides us access to several machines with GPU-acceleration. | + | * [[developpement:productions:logiciels:LevelSetMethod|Level Set Method]] |
| - | + | * [[developpement:productions:logiciels:AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] | |
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| + | Publication : « Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method », Kiss A, Moreau T, Mirabet V, Calugaru C. I, Boudaoud A & Das P, \\ | ||
| + | Plant Methods, 2017 Dec 21; 13, 114, https://doi.org/10.1186/s13007-017-0264-5 | ||
| ====== Contribution of CBP ====== | ====== Contribution of CBP ====== | ||
| * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | ||
| + | * Adaptation du code pour permettre la prise en compte du format de fichier .tif | ||
| + | * Expertise et adaptation du code pour utilisation sur de différents plateformes et architectures | ||
| * Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | * Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | ||
| + | * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés | ||
| + | * Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.) | ||
| + | * Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet | ||
| + | * Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires | ||
| + | * Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test | ||
| + | * Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN. | ||