Différences

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formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 11:45]
equemene créée
formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 13:40] (Version actuelle)
equemene [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP]
Ligne 10: Ligne 10:
   - Placement dans le dossier créé :<​code>​cd /​local/​$USER</​code>​   - Placement dans le dossier créé :<​code>​cd /​local/​$USER</​code>​
   - Récupération du source <​code>​wget ftp://​ftp.gromacs.org/​pub/​gromacs/​gromacs-2019.3.tar.gz</​code>​   - Récupération du source <​code>​wget ftp://​ftp.gromacs.org/​pub/​gromacs/​gromacs-2019.3.tar.gz</​code>​
-  - Expansion de l'​archive : <​code>​tar xzf gromacs-2018.1.tar.gz</​code>​+  - Expansion de l'​archive : <​code>​tar xzf gromacs-2019.3.tar.gz</​code>​
   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXSRC=$PWD/​gromacs-2019.3</​code>​   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXSRC=$PWD/​gromacs-2019.3</​code>​
-  - Création d'un dossier de construction : <​code>​mkdir gromacs-2018.1_build</​code>​+  - Création d'un dossier de construction : <​code>​mkdir gromacs-2019.3_build</​code>​
   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXBUILD=$PWD/​gromacs-2019.3_build</​code>​   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXBUILD=$PWD/​gromacs-2019.3_build</​code>​
-  - Création d'un dossier d'​installation : <​code>​mkdir gromacs-2018.1_install</​code>​+  - Création d'un dossier d'​installation : <​code>​mkdir gromacs-2019.3_install</​code>​
   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXINSTALL=$PWD/​gromacs-2019.3_install</​code>​   - Définition d'une variable d'​environnement pour ce dossier :<​code>​export GMXINSTALL=$PWD/​gromacs-2019.3_install</​code>​
   - Déplacement dans le dossier de construction : <​code>​cd $GMXBUILD</​code>​   - Déplacement dans le dossier de construction : <​code>​cd $GMXBUILD</​code>​
-  - Construction ​des tâches de compilation : <​code>​CC=gcc-7 CXX=g++-7 CPP=cpp-7 cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL</​code>​+  - Définition des outils ​des compilation : <​code>​export ​CC=/usr/bin/gcc-7 
 +export ​CXX=/usr/bin/g++-7 
 +export ​CPP=/usr/bin/cpp-7</​code>​ 
 +  - Construction des tâches de compilation : <​code>​cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL</​code>​
   - Compilation du programme en mode parallèle : <​code>​make -j 16 > GMX-Compile-$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​) 2>&​1</​code>​   - Compilation du programme en mode parallèle : <​code>​make -j 16 > GMX-Compile-$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​) 2>&​1</​code>​
   - Exécution des tests : <​code>​make check > GMX-Check-$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​) 2>&1 </​code>​   - Exécution des tests : <​code>​make check > GMX-Check-$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​) 2>&1 </​code>​
Ligne 32: Ligne 35:
   - Lancement de l'​exemple sur GPU :   - Lancement de l'​exemple sur GPU :
     - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi grompp -f pme.mdp</​code>​     - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi grompp -f pme.mdp</​code>​
-    - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​+    - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​
   - Lancement du code sur CPU :   - Lancement du code sur CPU :
     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<​code>​find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/"​ "​_"​) | grep '/'​ | xargs -I '​{}'​ rm '​{}'</​code>​     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<​code>​find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/"​ "​_"​) | grep '/'​ | xargs -I '​{}'​ rm '​{}'</​code>​
-    - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi grompp -f pme.mdp</​code>​ +    - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx grompp -f pme.mdp</​code>​ 
-    - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​+    - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​
  
 Les deux fichiers de sortie en ''​*.out''​ donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''​grep''​ sur le mot ''​Elapsed''​ extrait les temps d'​exécution sur GPU et CPU. Les deux fichiers de sortie en ''​*.out''​ donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''​grep''​ sur le mot ''​Elapsed''​ extrait les temps d'​exécution sur GPU et CPU.
  
formation/insa2020gpu/insa2020gromacs4buster.1607251533.txt.gz · Dernière modification: 2020/12/06 11:45 par equemene