✎ formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster[CBP]

✎ formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster
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====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ======

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===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP =====

La recette pour compiler Gromacs  avec un support GPU sur du Debian Buster est la suivante :
  - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')</code>
  - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code>
  - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code>
  - Récupération du source <code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz</code>
  - Expansion de l'archive : <code>tar xzf gromacs-2019.3.tar.gz</code>
  - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXSRC=$PWD/gromacs-2019.3</code>
  - Création d'un dossier de construction : <code>mkdir gromacs-2019.3_build</code>
  - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXBUILD=$PWD/gromacs-2019.3_build</code>
  - Création d'un dossier d'installation : <code>mkdir gromacs-2019.3_install</code>
  - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXINSTALL=$PWD/gromacs-2019.3_install</code>
  - Déplacement dans le dossier de construction : <code>cd $GMXBUILD</code>
  - Définition des outils des compilation : <code>export CC=/usr/bin/gcc-7
export CXX=/usr/bin/g++-7
export CPP=/usr/bin/cpp-7</code>
  - Construction des tâches de compilation : <code>cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL</code>
  - Compilation du programme en mode parallèle : <code>make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code>
  - Exécution des tests : <code>make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 </code>
  - Installation du programme et ses dépendances : <code>make install > GMX-Install-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code>

===== Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP =====

  - Création du dossier de tests à la date du jour : <code>mkdir -p /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code>
  - Placement dans le dossier créé : <code>cd /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code>
  - Récupération des entrées Gromacs pour le test :<code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz</code>
  - Expansion de l'archive récupérée : <code>tar xzf water_GMX50_bare.tar.gz</code>
  - Passage dans le dossier de paramètres : <code>cd water-cut1.0_GMX50_bare/1536</code>
  - Paramétrage de l'environnement : <code>source $GMXINSTALL/bin/GMXRC</code>
  - Lancement de l'exemple sur GPU :
    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code>
    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
  - Lancement du code sur CPU :
    - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>
    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>
    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>

Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.