Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente | Dernière révision Les deux révisions suivantes | ||
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formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 12:23] equemene [Compilation du programme dans l'environnement du CBP] |
formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 13:24] equemene [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP] |
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| Ligne 35: | Ligne 35: | ||
| - Lancement de l'exemple sur GPU : | - Lancement de l'exemple sur GPU : | ||
| - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | ||
| - | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | + | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> |
| - Lancement du code sur CPU : | - Lancement du code sur CPU : | ||
| - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> | - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> | ||
| - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | ||
| - | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | + | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> |
| Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. | Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. | ||