Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 13:24]
equemene [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP]
formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 13:40] (Version actuelle)
equemene [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP]
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   - Lancement du code sur CPU :   - Lancement du code sur CPU :
     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<​code>​find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/"​ "​_"​) | grep '/'​ | xargs -I '​{}'​ rm '​{}'</​code>​     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<​code>​find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/"​ "​_"​) | grep '/'​ | xargs -I '​{}'​ rm '​{}'</​code>​
-    - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx-mpi grompp -f pme.mdp</​code>​+    - Initialisation de GROMACS : <​code>​$GMXINSTALL/​bin/​gmx grompp -f pme.mdp</​code>​
     - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​     - Lancement du calcul sur GPU : <​code>/​usr/​bin/​time $GMXINSTALL/​bin/​gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/'​ '​_'​)_$(date "​+%Y%m%d-%H%M"​).out 2>&​1</​code>​
  
 Les deux fichiers de sortie en ''​*.out''​ donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''​grep''​ sur le mot ''​Elapsed''​ extrait les temps d'​exécution sur GPU et CPU. Les deux fichiers de sortie en ''​*.out''​ donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''​grep''​ sur le mot ''​Elapsed''​ extrait les temps d'​exécution sur GPU et CPU.
  
formation/insa2020gpu/insa2020gromacs4buster.txt · Dernière modification: 2020/12/06 13:40 par equemene