Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
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formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2018/11/26 18:24] equemene |
formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2019/06/05 13:36] (Version actuelle) equemene [Compilation du programme dans l'environnement du CBP] |
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| ====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ====== | ====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ====== | ||
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| + | [[formation:insa2018gpu|Retour aux travaux pratiques]] | ||
| ===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP ===== | ===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP ===== | ||
| La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante : | La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante : | ||
| - | - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg') | + | - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')</code> |
| - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code> | - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code> | ||
| - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> | - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> | ||
| Ligne 32: | Ligne 34: | ||
| - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | ||
| - Lancement du code sur CPU : | - Lancement du code sur CPU : | ||
| - | - Effacement des fichiers créés :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> | + | - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> |
| - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> | ||
| - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | ||