Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2018/11/26 17:09] equemene créée |
formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2019/06/05 13:36] (Version actuelle) equemene [Compilation du programme dans l'environnement du CBP] |
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| + | ====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ====== | ||
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| + | [[formation:insa2018gpu|Retour aux travaux pratiques]] | ||
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| + | ===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP ===== | ||
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| La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante : | La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante : | ||
| + | - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')</code> | ||
| - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code> | - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code> | ||
| - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> | - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> | ||
| Ligne 13: | Ligne 20: | ||
| - Compilation du programme en mode parallèle : <code>make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> | - Compilation du programme en mode parallèle : <code>make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> | ||
| - Exécution des tests : <code>make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 </code> | - Exécution des tests : <code>make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 </code> | ||
| - | - Installation du programme et ses dépendances : <code>make check > GMX-Install-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> | + | - Installation du programme et ses dépendances : <code>make install > GMX-Install-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> |
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| + | ===== Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP ===== | ||
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| + | - Création du dossier de tests à la date du jour : <code>mkdir -p /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code> | ||
| + | - Placement dans le dossier créé : <code>cd /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code> | ||
| + | - Récupération des entrées Gromacs pour le test :<code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz</code> | ||
| + | - Expansion de l'archive récupérée : <code>tar xzf water_GMX50_bare.tar.gz</code> | ||
| + | - Passage dans le dossier de paramètres : <code>cd water-cut1.0_GMX50_bare/1536</code> | ||
| + | - Paramétrage de l'environnement : <code>source $GMXINSTALL/bin/GMXRC</code> | ||
| + | - Lancement de l'exemple sur GPU : | ||
| + | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> | ||
| + | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | ||
| + | - Lancement du code sur CPU : | ||
| + | - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> | ||
| + | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> | ||
| + | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | ||
| + | Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. | ||