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La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante :

1. Création du dossier utilisateur :

   mkdir /local/$USER

2. Placement dans le dossier créé :

   cd /local/$USER

3. Récupération du source

   wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.1.tar.gz

4. Expansion de l'archive :

   tar xzf gromacs-2018.1.tar.gz

5. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

   export GMXSRC=$PWD/gromacs-2018.1

6. Création d'un dossier de construction :

   mkdir gromacs-2018.1_build

7. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

   export GMXBUILD=$PWD/gromacs-2018.1_build

8. Création d'un dossier d'installation :

   mkdir gromacs-2018.1_install

9. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

   export GMXINSTALL=$PWD/gromacs-2018.1_install

10. Déplacement dans le dossier de construction :

    cd $GMXBUILD

11. Construction des tâches de compilation :

    CC=gcc-4.9 CXX=g++-4.9 cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL

12. Compilation du programme en mode parallèle :

    make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1

13. Exécution des tests :

    make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 

14. Installation du programme et ses dépendances :

    make check > GMX-Install-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1