Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU

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1. Création du dossier de tests à la date du jour :

   mkdir -p /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")

2. Placement dans le dossier créé :

   cd /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")

3. Récupération des entrées Gromacs pour le test :

   wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz

4. Expansion de l'archive récupérée :

   tar xzf water_GMX50_bare.tar.gz

5. Passage dans le dossier de paramètres :

   cd water-cut1.0_GMX50_bare/1536

6. Paramétrage de l'environnement :

   source $GMXINSTALL/bin/GMXRC

7. Lancement de l'exemple sur GPU :
   1. Initialisation de GROMACS :

      $GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp

   2. Lancement du calcul sur GPU :

      /usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1

8. Lancement du code sur CPU :
   1. Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :

      find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'

   2. Initialisation de GROMACS :

      $GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp

   3. Lancement du calcul sur GPU :

      /usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1

Les deux fichiers de sortie en *.out donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un grep sur le mot Elapsed extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.