Galaxy Easy Gateway for Biological Laboratories

Partenaires fonctionnels : Sandrine Hugues (IGFL), Marie Sémon (IGFL), Gaël Yvert (LBMC), Floran Chuffart (LBMC), Jeremy Just (RDP), CIRI
Maîtrise d'oeuvre : Emmanuel Quemener, CBP, ENS-Lyon

Projet

Fournir un démonstrateur permettant l'ouverture d'un portail Galaxy à tous les laboratoires de biologie de l'établissement : l'IGFL, le LBMC, le RDP et le CIRI.

Sur ce démonstrateur, il sera évalué les points suivants :

  • la facilité de déploiement du portail Galaxy
  • l'interconnexion du portail Galaxy aux gestionnaires de tâches existants
  • la consolidation de la plate-forme à la charge de plusieurs dizaines d'utilisateurs simultanés
  • la spécialisation de la plate-forme pour des tâches spécifiques expédiées sur des matériels spécifiques
  • la délégation d'installation des greffons Galaxy aux bioinformaticiens

Un premier rapport sur les 6 premiers mois d'exploitation de la plate-forme de test.

Pour exploiter la plate-forme

Pour disposer d'un accès à la plate-forme, il suffit de :

  1. disposer d'un identifiant ENS-Lyon
  2. demander à son référent Galaxy de laboratoire de contacter le CBP pour l'autorisation d'accès :
    • Sandrine Hughes pour l'IGFL
    • Laurent Modolo pour le LBMC
    • Jeremy Just pour le RDP
  3. intégrer dans son navigateur l'autorité de certification du CNRS
  4. se connecter sur la plate-forme Galaxy

Contribution du Centre Blaise Pascal à ce projet

Le Centre Blaise Pascal fournit toute l'infrastructure matérielle pour le projet :

  • Machine virtuelle hébergeant le portail Galaxy
  • Passerelle équipée d'un gestionnaire de tâches
  • Noeuds de clusters
developpement/projets/galaxy.txt · Dernière modification: 2018/05/18 19:31 par equemene