Installation de Visual Molecular Dynamics sous Debian Squeeze

Le téléchargement de VMD exige une inscription préalable.

La version courante, d'avril 2011, est la 1.9.

Pour réaliser cette documentation, le lien de Debian Clusters a été instructif.

Les paquets suivants sont indispensables à la compilation et à l'utilisation de VMD

apt-get -y install libc6-dev-i386 libfltk1.1-dev libfltk1.1 netcdf-bin libnetcdf-dev libnetcdf6 tk8.5 tk8.5-dev tcl8.5 tcl8.5-dev libglu1-mesa mesa-common-dev libgl1-mesa-dri libglu1-mesa-dev xlibmesa-gl-dev libxi-dev libxi6 python2.5 python2.5-dev python-numpy libtachyon-0.98 libtachyon-dev tachyon

La phase de compilation de VMD exige l'utilisation d'un dossier temporaire, par exemple /tmp/VMD. L'archive de VMD y est alors expansée :

mkdir /tmp/VMD
cd /tmp/VMD
# Il est suppose que le source de VMD est place dans /root
tar xzf /root/vmd-1.9.src.tar.gz

Dans la suite, il est supposé que :

• le nom de l'exécutable sera : vmd-1.9
• le dossier d'installation des librairies sera : /opt/vmd-1.9
• l'architecture choisie pour l'installation est LINUXAMD64
• toute la phase de compilation et d'installation est réalisée par root : en effet, les scripts d'installation se comportent assez mal en sudo

Ces trois réglages font l'objet d'un paramétrage de variables d'environnement que nous allons conserver durant toute la phase d'installation.

Pour une architecture 64 bits :

# Le nom de l'executable
export VMDINSTALLNAME="vmd-1.9"
# Le dossier d'installation des librairies
export VMDINSTALLLIBRARYDIR=/opt/$VMDINSTALLNAME
# L'architecture choisie pour la compilation
export ARCH="LINUXAMD64"
# Le dossier d'installation des plugins
export PLUGINDIR=/tmp/VMD/$VMDINSTALLNAME/plugins
# Creation du dossier
mkdir -p $PLUGINDIR

Pour architecture 32 bits

# Le nom de l'executable
export VMDINSTALLNAME="vmd-1.9"
# Le dossier d'installation des librairies
export VMDINSTALLLIBRARYDIR=/opt/$VMDINSTALLNAME
# L'architecture choisie pour la compilation
export ARCH="LINUX"
# Le dossier d'installation des plugins
export PLUGINDIR=/tmp/VMD/$VMDINSTALLNAME/plugins
# Creation du dossier
mkdir -p $PLUGINDIR

Le dossier de compilation, /tmp/VMD comprend deux dossiers :

• plugins : les sources des greffons
• vmd-1.9 : les sources de VMD

La compilation des greffons demande 3 commandes :

# passage dans le dossier des greffons
cd plugins
# compilation en precisant l'architecture et le positionnement des librairies TCL
export TCLINC="-I/usr/include/tcl8.5"
export TCLLIB="-F/usr/lib"
make $ARCH
# installation des greffons
make distrib
# retour à la racine de l'archive de VMD
cd ..

Le fichier configure de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande.

Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :

cd $VMDINSTALLNAME 
mkdir lib/python
ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH
mkdir lib/tcl
ln -s /usr/lib lib/tcl/lib
ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include

Génération du Makefile, compilation et installation :

# Compilation et paramétrage des paquets externes
# Lien pour Tachyon (inutile de le recompiler)
cd lib/tachyon
ln -s /usr/bin/tachyon tachyon_LINUXAMD64
# Compilation de Surf
cd ../surf
tar xzf surf.tar.Z
mv Makefile Makefile.orig
cat Makefile.orig | sed -e 's/\/usr\/include\/sgidefs.h//g' > Makefile
make clean && make
mv surf surf_LINUXAMD64
cd ../stride
# Compilation de stride
wget http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz
tar xzf stride.tar.gz
make 
mv strideLINUXAMD64 stride_LINUXAMD64
cd ../..
# Generation du Makefile
./configure $ARCH OPENGL FLTK TK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS NUMPY
cd src
# Compilation
make veryclean
make
# installation du programme 
make install

Pour architecture 32 bits :

# Compilation et paramétrage des paquets externes
# Lien pour Tachyon (inutile de le recompiler)
cd lib/tachyon
ln -s /usr/bin/tachyon tachyon_LINUX
# Compilation de Surf
cd ../surf
tar xzf surf.tar.Z
mv Makefile Makefile.orig
cat Makefile.orig | sed -e 's/\/usr\/include\/sgidefs.h//g' > Makefile
make clean && make
mv surf surf_LINUX
cd ../stride
# Compilation de stride
wget http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz
tar xzf stride.tar.gz
make 
mv strideLINUX stride_LINUX
cd ../..
# Generation du Makefile
./configure $ARCH OPENGL FLTK TK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS NUMPY
cd src
# Compilation
make veryclean
make
# installation du programme 
make install

Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :

cd /opt
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd
cd vmd
chown -R root.root *
cd /usr/local/bin
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd

Le fichier configure de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande.

Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :

cd $VMDINSTALLNAME 
mkdir lib/python
ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH
mkdir lib/tcl
ln -s /usr/lib lib/tcl/lib
ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include

Configuration minimale du fichier configure pour pointer vers la librairie CUDA. Il est supposé que cuda est installée dans /opt/cuda et est appelée en 64 bits :

# Premiere subsitution sur Cuda
sed -i 's/\/usr\/local\/encap\/cuda-3.0/\/opt\/cuda/g' configure
# Seconde subsitution sur Cuda
sed -i 's/\/usr\/local\/encap\/cuda-3.0/\/opt\/cuda/g' configure
# Remplacement 
sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/bin/\/opt\/cuda\/bin/g' configure
sed -i 's/\/usr\/local\/include/\/opt\/cuda\/include/g' configure
sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/include/\/opt\/cuda\/include/g' configure
sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/lib/\/opt\/cuda\/lib/g' configure
# Remplacement de la version de librairie par son modele 64 bits
sed -i 's/\/opt\/cuda\/lib/\/opt\/cuda\/lib64/g' configure
#
sed -i 's/6464/64/g' configure

Génération du Makefile, compilation et installation :

# Generation du Makefile
./configure $ARCH OPENGL TK FLTK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS CUDA
cd src
# Compilation
make
# installation du programme et des librairies (il est supposé que l'installateur a les droits sudo)
sudo make install

Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :

cd /opt
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd
cd vmd
chown -R root.root *
cd /usr/local/bin
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd

Le fichier configure de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande.

Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :

cd $VMDINSTALLNAME 
mkdir lib/python
ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH
mkdir lib/tcl
ln -s /usr/lib lib/tcl/lib
ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include

Configuration minimale du fichier configure pour pointer vers la librairie OpenCL de ATI/AMD. Il est supposé que OpenCL est installée dans /opt/AMDAPP (version 2.5 du SDK) et est appelée en 64 bits :

Version pour SDK AMD/ATI installé dans /opt/AMDAPP

# Premiere substitution
sed -i 's/\#\$opencl_library/\$opencl_library\ =\ \"\-L\/opt\/AMD\-APP\-SDK\/lib\/x86_64\"\;\n\#\$opencl_library/g' configure
# Seconde substitution
sed -e 's/\/usr\/include\/CL/\/opt\/AMD\-APP\-SDK\/include/g' configure

Génération du Makefile, compilation et installation :

# Generation du Makefile
./configure $ARCH OPENGL TK FLTK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS OPENCL
cd src
# Compilation
make
# installation du programme et des librairies (il est supposé que l'installateur a les droits sudo)
sudo make install

Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :

cd /opt
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd
cd vmd
chown -R root.root *
cd /usr/local/bin
ln -s $VMDINSTALLNAME vmd

— Emmanuel Quemener 2011/09/20 21:45