Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/05/23 11:24] equemene [Préparation du système] |
developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2015/01/07 10:04] |
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| - | * [[developpement:activites:integration|Integration]] | ||
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| - | ====== Installation de LAMMPS sur Debian Wheezy ====== | ||
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| - | Lammps est disponible en [[http://packages.debian.org/stable/main/lammps|version 20120615]] dans la distribution Wheezy. | ||
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| - | Lammps est également disponible dans sa [[http://packages.debian.org/unstable/main/lammps|version 20130503]] dans la Sid au 22 mai 2013 : un rétroportage simple suffit à sa compilation. | ||
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| - | Il peut cependant être nécessaire de le recompiler soi-même pour dans le cadre d'applications très spécifiques. | ||
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| - | ===== Préparation du système ===== | ||
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| - | <code> | ||
| - | apt-get install gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev | ||
| - | </code> | ||
| - | ===== Téléchargement & préparation ===== | ||
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| - | <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note> | ||
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| - | - Récupération de la [[http://lammps.sandia.gov/download.html|dernière version]] sur le site de Sandia : <code>cd /root | ||
| - | wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz</code> | ||
| - | - Ouverture de l'archive :<code>cd /opt | ||
| - | tar xvf /root/lammps.tar.gz</code> | ||
| - | - Changement des droits : <code>chown -R root.root lammps-*</code> | ||
| - | - Etablissement d'un lien générique : <code>ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code> | ||
| - | - Passer dans l'archive :<code>cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code> | ||
| - | - Paramétrer une variable de racine pour Lammps : <code>export LAMMPSROOT=$(pwd)</code> | ||
| - | - Préparer le MPI local :<code>cd $LAMMPSROOT/src/STUBS | ||
| - | make clean | ||
| - | make | ||
| - | </code> | ||
| - | - Préparer les librairies complémentaires :<code> | ||
| - | # Compilation de la librairie MEAM | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/meam | ||
| - | make -f Makefile.gfortran clean | ||
| - | make -f Makefile.gfortran | ||
| - | mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel | ||
| - | ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps | ||
| - | |||
| - | # Compilation de la librairie COLVARS | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/colvars | ||
| - | make -f Makefile.g++ clean | ||
| - | make -f Makefile.g++ | ||
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| - | # Compilation de la librairie POEMS | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/poems | ||
| - | make -f Makefile.g++ clean | ||
| - | make -f Makefile.g++ | ||
| - | |||
| - | # Compilation de la librairie REAX | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/reax | ||
| - | make -f Makefile.gfortran clean | ||
| - | make -f Makefile.gfortran | ||
| - | mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel | ||
| - | ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps | ||
| - | |||
| - | # Compilation de la librairie AWPMD | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd | ||
| - | make -f Makefile.openmpi clean | ||
| - | make -f Makefile.openmpi | ||
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| - | </code> | ||
| - | - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| - | # activation de tous les modules | ||
| - | make yes-all | ||
| - | # suspension d'un module très specifique | ||
| - | make no-gpu | ||
| - | make no-user-cuda | ||
| - | # suspension d'un module qui necessite une librairie supplementaire | ||
| - | make no-voronoi | ||
| - | make no-user-reaxc | ||
| - | make no-kim | ||
| - | </code> | ||
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| - | ===== Compilation basique===== | ||
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| - | ==== Preparation de la librairie ATC couplée ==== | ||
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| - | <code> | ||
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| - | cd $LAMMPSROOT/lib/atc | ||
| - | sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial | ||
| - | make -f Makefile.serial clean | ||
| - | make -f Makefile.serial | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Compilation avec MPI ==== | ||
| - | |||
| - | <code> | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/src | ||
| - | # lancer la compilation | ||
| - | make serial | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_serial'', se trouve à la racine du dossier. | ||
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| - | ===== Compilation avec FFTW ===== | ||
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| - | Installation préliminaire | ||
| - | <code> | ||
| - | sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev | ||
| - | </code> | ||
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| - | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | ||
| - | cp Makefile.serial Makefile.fftw | ||
| - | sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw | ||
| - | sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw/g" Makefile.fftw | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Compilation | ||
| - | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| - | make fftw</code> | ||
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| - | Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_fftw'', se trouve à la racine du dossier. | ||
| - | ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI ===== | ||
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| - | Installation préliminaire | ||
| - | <code> | ||
| - | sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common | ||
| - | sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code># Preparation de la librairie ATC complée avec MPI | ||
| - | cd $LAMMPSROOT/lib/atc | ||
| - | cp Makefile.serial Makefile.mpic++ | ||
| - | sed -i "s/g++/mpic++.openmpi/g" Makefile.mpic++ | ||
| - | sed -i "s/\-fpermissive/-fpermissive\ \-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK/g" Makefile.mpic++ | ||
| - | make -f Makefile.mpic++ clean | ||
| - | make -f Makefile.mpic++ | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | ||
| - | mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig | ||
| - | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi</code> | ||
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| - | Compilation | ||
| - | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| - | make openmpi</code> | ||
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| - | Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_openmpi'', se trouve à la racine du dossier. | ||
| - | ===== Vérification de fonctionnement ===== | ||
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| - | La page [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|Tools4Test]] et plus précisemment celle liée à | ||
| - | [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test#lammps|Lammps]] détaille comment installer Lammps dans son environnement personnel (au CBP) et lancer quelques exemples. | ||
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