Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Prochaine révision | Révision précédente | ||
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developpement:activites:integration:gaussian4wheezy [2014/02/05 16:10] equemene créée |
developpement:activites:integration:gaussian4wheezy [2015/01/07 10:04] (Version actuelle) |
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| * [[developpement:activites:integration:|Intégration]] | * [[developpement:activites:integration:|Intégration]] | ||
| - | ====== Installation de Gaussian sous Debian Wheezy (et Ubuntu) ====== | + | ====== Installation de Gaussian sous Debian Wheezy ====== |
| <note important>Modification le 5 février 2014 : compilation de la version G09 D01.</note> | <note important>Modification le 5 février 2014 : compilation de la version G09 D01.</note> | ||
| Ligne 16: | Ligne 16: | ||
| Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | ||
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| - | <note important>En construction : pour l'instant, seule la version 64 bits (soit amd64 chez Debian) a été validée. Elle semble opérationnelle pour les versions Debian Lenny et Squeeze et les versions 10.04 et 10.10 de Ubuntu.</note> | ||
| Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. | Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. | ||
| Ligne 24: | Ligne 22: | ||
| # Installation du compilateur, des libraries OpenMP, Atlas/BLAS, tcsh | # Installation du compilateur, des libraries OpenMP, Atlas/BLAS, tcsh | ||
| sudo apt-get install gfortran libgomp1 libatlas-base-dev tcsh patch | sudo apt-get install gfortran libgomp1 libatlas-base-dev tcsh patch | ||
| + | # Cette commande est INDISPENSABLE, sinon le CSH par defaut fait planter la compilation | ||
| + | sudo update-alternatives --set csh /bin/tcsh | ||
| </code> | </code> | ||
| - Configuration de l'environnement des sources à compiler : | - Configuration de l'environnement des sources à compiler : | ||
| Ligne 29: | Ligne 29: | ||
| * le répertoire d'installation par défaut est ''/opt'' | * le répertoire d'installation par défaut est ''/opt'' | ||
| * les sources sont extraites du fichier TGZ | * les sources sont extraites du fichier TGZ | ||
| - | * par défaut, il vaut mieux utiliser le CSH pour la compilation :<code> | + | * par défaut, il faut utiliser le CSH pour la compilation :<code> |
| tcsh | tcsh | ||
| setenv basedir "/media/cdrom/" | setenv basedir "/media/cdrom/" | ||
| Ligne 38: | Ligne 38: | ||
| - Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | - Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | ||
| cd g09 | cd g09 | ||
| - | # pour une distribution Debian Squeeze sous 64 bits : | + | # pour une distribution Debian Wheezy sous 64 bits : |
| - | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.squeeze64 | + | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.wheezy64 |
| - | # pour une distribution Ubuntu 10.04 sous 64 bits : | + | |
| - | # wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.ubuntu64-1004 | + | |
| - | # pour une distribution Ubuntu 10.10 sous 64 bits : | + | |
| - | # wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.ubuntu64-1010 | + | |
| - | + | ||
| - | # pour une distribution Debian Squeeze sous 32 bits (nouveau !) : | + | |
| - | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.squeeze32 | + | |
| # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Squeeze 64 bits | # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Squeeze 64 bits | ||
| - | patch -p 1 -i ./g09.squeeze64 | + | patch -p 1 -i ./g09.wheezy64 |
| </code> | </code> | ||
| * La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | * La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | ||
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| </code> | </code> | ||
| - Préparation de la compilation et lancement :<code> | - Préparation de la compilation et lancement :<code> | ||
| + | cd $g09root/g09 | ||
| ./bsd/install | ./bsd/install | ||
| source $g09root/g09/bsd/g09.login | source $g09root/g09/bsd/g09.login | ||
| - | bsd/bldg09 | + | # Compilation |
| + | bsd/bldg09 >& $g09root/g09/build-`date "+%Y%m%d%H%M"` | ||
| </code> | </code> | ||
| - Positionnement des droits pour toute l'arborescence (ici, tous les utilisateurs du groupe ''users'' ont accès) : <code> | - Positionnement des droits pour toute l'arborescence (ici, tous les utilisateurs du groupe ''users'' ont accès) : <code> | ||
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| cd $HOME/Gaussian | cd $HOME/Gaussian | ||
| i=0 | i=0 | ||
| - | while [ $i -le 919 ] | + | while [ $i -le 1044 ] |
| do | do | ||
| - | if [ -f test$(printf "%03d" $i).com ]; then | + | if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then |
| - | time g09 test$(printf "%03d" $i).com 2> test$(printf "%03d" $i).time | + | { /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time |
| fi | fi | ||
| i=$(($i+1)) | i=$(($i+1)) | ||
| Ligne 94: | Ligne 89: | ||
| ===== Commandes annexes ===== | ===== Commandes annexes ===== | ||
| - | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.squeeze64</code> | + | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.wheezy64</code> |