Ceci est une ancienne révision du document !
Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy
Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.
Compilation de l'application
Installation des prérequis
Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version “standard”, ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL
apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev
Récupération des sources
Le téléchargement du code suppose l'acceptation de la licence académique associée.
cd /root wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz
Expansion de l'archive
cd /opt tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz
Modification des sources
mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h
Compilation
cd /opt/DNABEND_1.1/source make clean make esolve make edesign
Les exécutables se trouvent dans /opt/DNABEND_1.1 : edesign et esolve.
Installation
Exécution des tests
— Emmanuel Quemener 2013/06/09 21:44
fr
en