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developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/09 21:44]
equemene
developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2015/01/07 10:04] (Version actuelle)
Ligne 3: Ligne 3:
 ====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ====== ====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ======
  
-Il n'​existe aucune version de Siesta ​dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.+Il n'​existe aucune version de DNABend ​dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.
  
 ===== Compilation de l'​application ===== ===== Compilation de l'​application =====
Ligne 9: Ligne 9:
 ==== Installation des prérequis ==== ==== Installation des prérequis ====
  
-<​code>​+Comme nous allons le découvrir à la compilation,​ DNABend, dans sa version "​standard",​ ne compile qu'​avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL
  
 +<​code>​
 +apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev
 </​code>​ </​code>​
  
 +La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est : <​code>​
 +ldd ../​bin/​esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '​{}'​ dpkg -S '​{}'​ | awk -F':'​ '{ print $1 }' | sort -u | tr '​\n'​ ' '
 +</​code>​
 ==== Récupération des sources ==== ==== Récupération des sources ====
  
Ligne 19: Ligne 24:
 <​code>​ <​code>​
 cd /root cd /root
-wget +wget http://​nucleosome.rutgers.edu/​nucleosome/​DNABEND_1.1.tgz
 </​code>​ </​code>​
  
Ligne 26: Ligne 31:
 <​code>​ <​code>​
 cd /opt cd /opt
-tar xzf  +tar xzf /​root/​DNABEND_1.1.tgz
-cd +
 </​code>​ </​code>​
  
-==== Compilation ​====+==== Modification des sources ​====
  
 +<​code>​
 +mv /​opt/​DNABEND_1.1/​source/​Makefile /​opt/​DNABEND_1.1/​source/​Makefile.orig
 +wget -O /​opt/​DNABEND_1.1/​source/​Makefile http://​www.cbp.ens-lyon.fr/​software/​DNABEND/​Makefile.DNABEND
 +sed -i '​s/<​string>/<​string.h>/​g'​ /​opt/​DNABEND_1.1/​include/​dna_parameters.h
 +</​code>​
  
- +==== Compilation ​====
- +
-==== Installation ​====+
  
 <​code>​ <​code>​
 +cd /​opt/​DNABEND_1.1/​source 
 +make clean 
 +make esolve 
 +make edesign
 </​code>​ </​code>​
 +
 +Les exécutables se trouvent dans ''/​opt/​DNABEND_1.1''​ : ''​edesign''​ et ''​esolve''​.
 +
  
 ===== Exécution des tests ===== ===== Exécution des tests =====
developpement/activites/integration/dnabend4wheezy.1370807096.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)