Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Prochaine révision | Révision précédente | ||
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developpement:activites:integration:cpmd4jessie [2015/03/30 13:51] equemene créée |
developpement:activites:integration:cpmd4jessie [2015/03/30 16:48] (Version actuelle) equemene |
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|---|---|---|---|
| Ligne 3: | Ligne 3: | ||
| ====== Installation de CPMD sous Debian Jessie ====== | ====== Installation de CPMD sous Debian Jessie ====== | ||
| + | ===== Installation des prérequis ===== | ||
| + | |||
| + | Compilation séquentielle | ||
| + | <code> | ||
| + | apt-get install gfortran libopenblas-dev libatlas-base-dev libhwloc-dev libfftw3-dev libfftw3-double3 libgcc1 libgfortran3 libgfortran3-dbg libgomp1 libhwloc5 libltdl7 libnuma1 libquadmath0 | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | Compilation parallèle | ||
| + | <code> | ||
| + | apt-get install gfortran libopenblas-dev libatlas-base-dev libhwloc-dev libfftw3-dev libfftw3-double3 libgcc1 libgfortran3 libgfortran3-dbg libgomp1 libhwloc5 libltdl7 libnuma1 libquadmath0 libopenmpi-dev openmpi-bin | ||
| + | </code> | ||
| ===== Téléchargement du source ===== | ===== Téléchargement du source ===== | ||
| Ligne 15: | Ligne 26: | ||
| mv CPMD CPMD-3.17.1 | mv CPMD CPMD-3.17.1 | ||
| ln -s CPMD-3.17.1 CPMD | ln -s CPMD-3.17.1 CPMD | ||
| - | + | cd CPMD | |
| chmod 755 . | chmod 755 . | ||
| </code> | </code> | ||
| - | ===== Introduction ===== | + | Compilation séquentielle pour la libraire ATLAS |
| + | <code> | ||
| + | wget -O /opt/CPMD-3.17.1/CONFIGURE/Debian-amd64-ATLAS http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CPMD/Debian-amd64-ATLAS | ||
| + | ./mkconfig.sh Debian-amd64-ATLAS > Makefile | ||
| + | make -j 8 | ||
| + | mv cpmd.x cpmd.ATLAS | ||
| + | </code> | ||
| + | Compilation séquentielle pour la libraire OpenBLAS | ||
| + | <code> | ||
| + | wget -O /opt/CPMD-3.17.1/CONFIGURE/Debian-amd64-OpenBLAS http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CPMD/Debian-amd64-OpenBLAS | ||
| + | ./mkconfig.sh Debian-amd64-OpenBLAS > Makefile | ||
| + | make -j 8 | ||
| + | mv cpmd.x cpmd.OpenBLAS | ||
| + | </code> | ||
| - | Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. | + | Compilation parallèle pour la libraire ATLAS |
| + | <code> | ||
| + | wget -O /opt/CPMD-3.17.1/CONFIGURE/Debian-amd64-ATLAS-MPI http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CPMD/Debian-amd64-ATLAS-MPI | ||
| + | ./mkconfig.sh Debian-amd64-ATLAS-MPI > Makefile | ||
| + | make -j 8 | ||
| + | mv cpmd.x cpmd.ATLAS-MPI | ||
| + | </code> | ||
| + | Compilation parallèle pour la libraire OpenBLAS | ||
| + | <code> | ||
| + | wget -O /opt/CPMD-3.17.1/CONFIGURE/Debian-amd64-OpenBLAS-MPI http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CPMD/Debian-amd64-OpenBLAS-MPI | ||
| + | ./mkconfig.sh Debian-amd64-OpenBLAS-MPI > Makefile | ||
| + | make -j 8 | ||
| + | mv cpmd.x cpmd.OpenBLAS-MPI | ||
| + | </code> | ||
| - | ===== Test des compilations ===== | + | Il a été décidé dans cette documentation de réaliser des binaires avec des librairies ATLAS ou OpenBLAS statiques pour pouvoir choisir sans manipulation pénible les chemins associées. |
| - | Par défaut, le source de Gaussian comprend les résultats de tests sur architecture AMD64 dans le dossier ''$g09root/g09/tests/amd64''. | + | ===== Exploitation ===== |
| - | Pour exécuter tous les tests, voici la commande <code> | + | Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. |
| - | # Creation du dossier pour tous les jobs | + | |
| - | mkdir -p /local/$USER/Gaussian/tmp | + | |
| - | + | ||
| - | # A rajouter à la fin de son .bashrc | + | |
| - | export g09root=/opt | + | |
| - | export GAUSS_SCRDIR=/local/$USER/Gaussian/tmp | + | |
| - | . $g09root/g09/bsd/g09.profile | + | |
| - | </code> | + | |
| - | + | ||
| - | Lancement de tous les tests :<code> | + | |
| - | cd /local/$USER/Gaussian | + | |
| - | cp $g09root/g09/tests/com/test*[0-9][0-9].com /local/$USER/Gaussian | + | |
| - | for i in $(seq 0 1 1044) | + | |
| - | do | + | |
| - | if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then | + | |
| - | { /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time | + | |
| - | fi | + | |
| - | done | + | |
| - | </code> | + | |
| - | ===== Commandes annexes ===== | + | ===== Tests ===== |
| - | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.jessie64</code> | + | Le site originel contient une archive de [[http://cpmd.org/downloadable-files/authentication/contributions/cpmd-test.tar.gz|tests]]. |
| - | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2015/03/23 09:50// | + | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2015/03/30 16:22// |