Installation de Amber9 sous Debian Jessie

Amber est constitué de deux ensembles :

• des champs dédiés à la mécanique moléculaire pour la simulation de molécules biologiques
• un ensemble de programmes de simulation moléculaire

• une archive d'un TGZ, de nom Amber9.tgz et contenant à la racine tous les sources de Amber
• le droit d'écrire dans /opt

1. Préparation du répertoire d'installation :

   # Pour etre d'une originalite sans borne, l'installation de Amber9 sera dans /opt
   cd /opt
   mkdir Amber9
   cd Amber9
   tar xzf <RepertoireAmber9>/Amber*tgz
   export AMBERHOME=$(pwd)

2. Téléchargement des correctifs :

   wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all
   patch -p0 -N -r patch_rejects < bugfix.all

3. Nettoyage des archives :

   cd $AMBERHOME/src
   make clean
   cd ../test
   make clean
   cd ../benchmarks
   make clean
   cd ..

4. Configuration de la compilation et compilation :
   • En mode “série” :
     • Installation des paquets de compilation nécessaires :

       apt-get install gfortran gcc bison

cd $AMBERHOME/src
# sur plate-forme ia32 (Pentium4, SURTOUT NE PAS PRECISER -p4 comme propose !
 ./configure gfortran
make -j 2 serial

• En mode “parallèle” avec OpenMPI :
  • Installation des paquets OpenMPI nécessaire :

    apt-get install openmpi-common libopenmpi1.6 openmpi-bin libopenmpi-dev

  • Préparation de OpenMPI :

    export MPI_HOME=$AMBERHOME/src/openmpi
    cd $AMBERHOME/src
    mkdir -p openmpi/bin
    ln -s /usr/lib/openmpi/lib/ openmpi/lib
    ln -s /usr/lib/openmpi/include/ openmpi/include
    ln -s /usr/bin/mpif90.openmpi openmpi/bin/mpif90

  • Configuration de la compilation et compilation :

    cd $AMBERHOME/src
    ./configure -openmpi gfortran

  • Modification du config.h :

    cp config.h config.h.old
    cat config.h.old | sed -e "s/AMBERBUILDFLAGS=/AMBERBUILDFLAGS=\-I\$MPI_HOME\/include/g" > config.h

  • Compilation en mode parallèle :

    make -j 2 -e AMBERBUILDFLAGS=-I$MPI_HOME/include parallel

Pour son utilisation, vous pouvez consulter le "pied à l'étrier" rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim.