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Modification le 25 octobre 2013 : passage en 7.4.3

Intégration de ABInit sur Debian Wheezy

La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 7.6.4 au 6 mai 2014).

Installation des prérequis

apt-get -y install libopenmpi-dev libnetcdff5 libnetcdf-dev openmpi-bin openmpi-common libhdf5-openmpi-dev libgsl0-dev libfftw3-dev openjdk-6-jdk python-numpy python-numpy-doc etsf-io gcc-4.7 g++-4.7 gfortran-4.7 libfftw3-mpi3 libfftw3-mpi-dev gcc gfortran g++

Récupération des sources

cd /root
wget http://ftp.abinit.org/abinit-7.6.4.tar.gz

Expansion de l'archive

cd /root
tar xzf /root/abinit-7.6.4.tar.gz 
cd /root/abinit-7.6.4

Ce plus, de manière à pouvoir exécuter ces codes sur toutes les architectures, les mtune=native ont été remplacés.

Compilation & Installation

Sur une machine 64 bits

Compilation

OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"

time make mj4

Installation

make install
TEMP=$PWD
cd /opt
[ -d abinit ] && rm abinit
ln -s abinit-7.4.3 abinit
cd $TEMP

Sur machine 64 bits avec GPU Nvidia

Préparation (pas propre...)

Normalement, le configure permet de spécifier les localisations des différents composants, mais cela ne semble pas fonctionner. Autant recréer un dosser /tmp/cuda contenant l'arborescence vers tous les composants CUDA :

mkdir /tmp/cuda
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu /tmp/cuda/lib64
ln -s /usr/include/ /tmp/cuda/include
ln -s /usr/bin /tmp/cuda/bin

Compilation

make distclean
OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4-cuda --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
make mj4

Installation

make install
TEMP=$PWD
cd /opt
cd $TEMP

Sur machine 64 bits, GPU Nvidia, librairie MAGMA

Par défaut, la librairie Magma est installée dans /opt/magma/lib et directement visible par le système : /etc/ld.so.conf.d/magma.conf avec ce chemin.

Pour l'installation de Magma sous Debian Wheezy, le CBP propose cette documentation.

Compilation

make distclean
OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3-magma --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor="custom+magma" --with-linalg-incs="-I/opt/magma/include" --with-linalg-libs="-L/opt/magma/lib -lmagma" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
make mj4

Sur une machine 32 bits

Compilation

OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/i386-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
time make mj4

Installation

make install
TEMP=$PWD
cd /opt
[ -d abinit ] && rm abinit
ln -s abinit-7.4.3 abinit
cd $TEMP

Exécution des tests

cd tests
make tests_min

Emmanuel Quemener 2013/11/07 14:18

developpement/activites/integration/abinit4wheezy.1399365059.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)