Atelier de Biologie Computationnelle

Living systems are complex systems i.e. sets of entity that interact according to a large number of simple local rules. These interactions are generally non-linear and lead to emergence of collective properties at a higher level of organization through self-organization. Understanding the development and homeostasis of living systems and their interactions with their biotic and abiotic environment  thus requires quantitative analysis at multiple scales coupled with modeling to integrate the data and to generate complex hypothesis. Genomics and imaging technologies are constantly progressing and the volume of data that needs to be stored and processed is growing exponentially. Notably recent years have seen the development of approaches to follow biological systems over time in 3D, leading to an explosion in the need for data storage and processing. We then estimate the requirement for storage to be at least 4 PTo in 5 years for the laboratories that are part of the SFR Biosciences. The percentage of processing capacities used at the PSMN for biological data has also grown from a negligible part to 10 % in the last 5 years and we anticipate that this growth in usage will reach 30 % in the next 4 years. 

C’est donc dans ce contexte qu’il a été proposé par le PSMN & CBP de mettre en place l’Atelier de Biologie Numérique (“ABN”). Directement inspiré de l’Atelier des Humanités Numériques mis en place aux SHS (), l’ABN se propose d’animer l’activité “biologie numérique” au sein de l’ENS et plus largement de la SFR Biosciences. L’objectif de cet atelier, à travers réunions, sessions de formations, séminaires, site web, est de partager les savoirs-faire, les outils et méthodologies et les questions au sein de la communauté d’ingénieurs et chercheurs de l’ENS dans le domaine de la biologie computationnelle. L’ABN se fixe notamment pour mission d’assurer l’interface entre les laboratoires/équipes de recherches de l’ENS (SFR Biosciences) qui produisent les données à stocker et à analyser (qu’elles soient expérimentales ou issues de simulations numériques), ou qui simplement analysent des données produites par ailleurs et le PSMN & CBP qui proposent, à travers ses infrastructures et ses expertises numériques, l’administration du stockage massif des données et de leur accès ainsi que l’administration du calcul scientifique haute-performance. Le changement d’échelle opéré par la biologie vers le “big-data” et la modélisation de systèmes de plus en plus complexes va conduire à un changement d’échelle en terme de demandes d’infrastructures et de services numériques au sein de l’ENS et en particulier au PSMN & CBP. L’objectif est donc que l’ABN pour coordonner les offres nouvelles et assurer aux utilisateurs un service numérique commun de haute qualité.