====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ======

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===== Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP =====

  - Création du dossier de tests à la date du jour : <code>mkdir -p /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code>
  - Placement dans le dossier créé : <code>cd /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")</code>
  - Récupération des entrées Gromacs pour le test :<code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz</code>
  - Expansion de l'archive récupérée : <code>tar xzf water_GMX50_bare.tar.gz</code>
  - Passage dans le dossier de paramètres : <code>cd water-cut1.0_GMX50_bare/1536</code>
  - Paramétrage de l'environnement : <code>source $GMXINSTALL/bin/GMXRC</code>
  - Lancement de l'exemple sur GPU :
    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>
    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
  - Lancement du code sur CPU :
    - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>
    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>
    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>

Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.