====== Installation de Molden sur Debian Jessie ======

===== Molden  =====

[[http://www.cmbi.ru.nl/molden/|Molden]] est un logiciel de prétraitement et de posttraitement de structure électronique et moléculaire.

Sa licence autorise un usage non commercial. Pour tout usage commercial, veuillez suivre ce [[http://www.cmbi.ru.nl/molden/COMMERCIAL_LICENSE.html|lien]]


===== Préparation du système et compilation =====

La procédure qui suit décrit l'installation de Molden dans le répertoire ''/opt''.

Dès que vous êtes en accord avec la licence, vous pouvez procéder à son téléchargement et son installation

  - Installation de paquets Debian indispensables : <code># Si vous ne disposez pas de pilotes propriétaires installés supportant OpenGL : 

# Les paquets suivants sont nécessaires
apt-get install libx11-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev  xutils-dev x11proto-gl-dev mesa-common-dev
</code>
  - Récupération sur le site de [[http://www.cmbi.ru.nl/molden/howtoget.html|Molden]] (au 27 mars 2015, la version courante est la 5.2.4) : <code>cd /root
wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.2.4.tar.gz
</code>
  - Ouverture de l'archive :<code>cd /opt
tar xvf /root/molden5.2.4.tar.gz</code>
  - Définition de la racine de Molden <code>export MOLDEN=/opt/molden5.2</code>
  - Passage dans l'archive :<code>cd $MOLDEN</code>
  - Paramétrage du ''makefile'' en changeant le compilateur ''g77'' par ''gfortran'' : <code>
sed -e 's/FC = g77/FC = gfortran/' -i~ makefile
sed -e 's/CC = cc/CC = gcc/' -i~ makefile
</code>
  - Lancement de la compilation : <code>make</code>
    - si la compilation se passe bien, 4 exécutables doivent être disponibles : <code>[ $(ls gmolden molden surf/surf ambfor/ambfor | wc -l) -eq 4 ] && echo "OK" || echo "KO"</code>
    - si le retour de la commande précédente est "KO", il y a certainement eu un problème
  - Etablissement des liens : <code>ln -s $MOLDEN /opt/molden
ln -s /opt/molden/gmolden /usr/local/bin/gmolden
ln -s /opt/molden/molden /usr/local/bin/molden
ln -s /opt/molden/surf/surf /usr/local/bin/surf
ln -s /opt/molden/ambfor/ambfor /usr/local/bin/ambfor
</code>
  - Positionnement des droits : <code>cd $MOLDEN
chown -R root.root *
chmod -R og+r *
find . -type d -exec chmod og+rx {} \;
</code>

===== Exécution des exemples =====

Voici quelques exemples à exécuter à partir de la racine d'installation de ''molden'' :<code>export MOLDEN=/opt/molden
find $MOLDEN/test/*test -exec $MOLDEN/molden {} > {}.log \; </code>