* [[developpement:activites:integration|Integration]]

====== Installation de LAMMPS sur Debian ======

<note important>Page mise à jour le 18 avril 2012</note>

===== Préparation du système =====

<note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note>

  - Récupération de la [[http://lammps.sandia.gov/download.html|dernière version]] sur le site de Sandia : <code>cd /root
wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz</code>
  - Ouverture de l'archive :<code>cd /opt
tar xvf /root/lammps.tar.gz</code>
  - Changement des droits : <code>chown -R root.root lammps-*</code>
  - Etablissement d'un lien générique : <code>ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code>
  - Passer dans l'archive :<code>cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code>
  - Paramétrer une variable de racine pour Lammps : <code>export LAMMPSROOT=$(pwd)</code>
  - Préparer le MPI local :<code>cd $LAMMPSROOT/src/STUBS
make clean
make
</code>
  - Préparer les librairies complémentaires :<code>
# Compilation de la librairie MEAM
cd $LAMMPSROOT/lib/meam
make -f Makefile.gfortran clean
make -f Makefile.gfortran
mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
# Compilation de la librairie POEMS
cd $LAMMPSROOT/lib/poems
make -f Makefile.g++ clean
make -f Makefile.g++
# Compilation de la librairie REAX
cd $LAMMPSROOT/lib/reax
make -f Makefile.gfortran clean
make -f Makefile.gfortran
mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps         
# Compilation de la librairie AWPMD
cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
make -f Makefile.openmpi clean
make -f Makefile.openmpi
</code>
  - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src
# activation de tous les modules
make yes-all
# suspension d'un module très specifique
make no-gpu
make no-user-cuda
#
make no-kim
</code>

===== Compilation basique=====

<code>
# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
make -f Makefile.serial clean
make -f Makefile.serial
</code>

<code>
cd $LAMMPSROOT/src
# Modification du Makefile (remplacer la reference a un g++4 !)
sed -e 's/g++4/g++/' -i~ MAKE/Makefile.serial
# lancer la compilation
make serial
</code>

Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_serial'', se trouve à la racine du dossier.


===== Compilation avec FFTW  =====

Installation préliminaire
<code>
sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
</code>

Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.fftw Makefile.fftw.Intel
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw</code>

Compilation 
<code>cd $LAMMPSROOT/src
make fftw</code>

Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_fftw'', se trouve à la racine du dossier.
===== Compilation avec FFTW et OpenMPI =====

Installation préliminaire
<code>
sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
</code>

Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code>cd $LAMMPSROOT/lib/atc
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++
# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
make -f Makefile.mpic++ clean
make -f Makefile.mpic++
</code>

Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi</code>

Compilation 
<code>cd $LAMMPSROOT/src
make openmpi</code>

Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_openmpi'', se trouve à la racine du dossier.
===== Vérification de fonctionnement =====

La page [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|Tools4Test]]  et plus précisemment celle liée à 
[[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test#lammps|Lammps]] détaille comment installer Lammps dans son environnement personnel (au CBP) et lancer quelques exemples.