* [[developpement:activites:integration|Integration]]

====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ======

Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.

===== Compilation de l'application =====

==== Installation des prérequis ====

Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version "standard", ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL

<code>
apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev
</code>

La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est : <code>
ldd ../bin/esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '{}' dpkg -S '{}' | awk -F':' '{ print $1 }' | sort -u | tr '\n' ' '
</code>
==== Récupération des sources ====

Le téléchargement du code suppose l'acceptation de la licence académique associée.

<code>
cd /root
wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz
</code>

==== Expansion de l'archive ====

<code>
cd /opt
tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz
</code>

==== Modification des sources ====

<code>
mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig
wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND
sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h
</code>

==== Compilation ====

<code>
cd /opt/DNABEND_1.1/source
make clean
make esolve
make edesign
</code>

Les exécutables se trouvent dans ''/opt/DNABEND_1.1'' : ''edesign'' et ''esolve''.


===== Exécution des tests =====

<code>

</code>

 --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/06/09 21:44//