====== Installation de Amber9 sous Debian Wheezy ======

===== Installation de Amber9 sur Debian Wheezy =====

==== Amber ====

[[http://ambermd.org/|Amber]] est constitué de deux ensembles :
  * des champs dédiés à la mécanique moléculaire pour la simulation de molécules biologiques
  * un ensemble de programmes de simulation moléculaire


==== Préparation du système et compilation ====

=== Prérequis ===

  * une archive d'un TGZ, de nom ''Amber9.tgz'' et contenant à la racine tous les sources de Amber
  * le droit d'écrire dans ''/opt'' 

=== Etapes de la compilation ===

  - Préparation du répertoire d'installation : <code>
# Pour etre d'une originalite sans borne, l'installation de Amber9 sera dans /opt
cd /opt
mkdir Amber9
cd Amber9
tar xzf <RepertoireAmber9>/Amber*tgz
export AMBERHOME=$(pwd)
</code>
  - Téléchargement des correctifs :<code>
wget http://ambermd.org/bugfixes/9.0/bugfix.all
patch -p0 -N -r patch_rejects < bugfix.all</code>
  - Nettoyage des archives :<code>
cd $AMBERHOME/src
make clean
cd ../test
make clean
cd ../benchmarks
make clean
cd ..
</code>
  - Configuration de la compilation et compilation :
    * En mode "série" :<code>
cd $AMBERHOME/src
# sur plate-forme ia32 (Pentium4, SURTOUT NE PAS PRECISER -p4 comme propose !
 ./configure gfortran
make -j 2 serial
</code>
    * En mode "parallèle" avec OpenMPI :
      * Installation des paquets OpenMPI nécessaire :<code>
apt-get install openmpi-common libopenmpi1.3 openmpi-bin libopenmpi-dev
</code>
      * Préparation de OpenMPI : <code>
export MPI_HOME=$AMBERHOME/src/openmpi
cd $AMBERHOME/src
mkdir -p openmpi/bin
ln -s /usr/lib/openmpi/lib/ openmpi/lib
ln -s /usr/lib/openmpi/include/ openmpi/include
ln -s /usr/bin/mpif90.openmpi openmpi/bin/mpif90
</code>
      * Configuration de la compilation et compilation :<code>
cd $AMBERHOME/src
./configure -openmpi gfortran
</code>
      * Modification du ''config.h'' : <code>
cp config.h config.h.old
cat config.h.old | sed -e "s/AMBERBUILDFLAGS=/AMBERBUILDFLAGS=\-I\$MPI_HOME\/include/g" > config.h
</code>
      * Compilation en mode parallèle :<code>
make -j 2 -e AMBERBUILDFLAGS=-I$MPI_HOME/include parallel
</code>
===== Utilisation =====

Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim.