* [[developpement:activites:integration:|Intégration]]

<note important>Modification le 6 mai 2014 : passage en 7.6.4</note>

====== Intégration de ABInit sur Debian Wheezy ======

La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 7.6.4 au 6 mai 2014).

===== Installation des prérequis =====

<code>apt-get -y install libopenmpi-dev libnetcdff5 libnetcdf-dev openmpi-bin openmpi-common libhdf5-openmpi-dev libgsl0-dev libfftw3-dev openjdk-6-jdk python-numpy python-numpy-doc etsf-io gcc-4.7 g++-4.7 gfortran-4.7 libfftw3-mpi3 libfftw3-mpi-dev gcc gfortran g++</code>

===== Récupération des sources =====

<code>cd /root
wget http://ftp.abinit.org/abinit-7.6.4.tar.gz</code>

===== Expansion de l'archive =====

<code>
cd /root
tar xzf /root/abinit-7.6.4.tar.gz 
cd /root/abinit-7.6.4
</code>

Ce plus, de manière à pouvoir exécuter ces codes sur toutes les architectures, les ''mtune=native'' ont été remplacés.

===== Compilation & Installation =====


==== Sur une machine 64 bits ====

=== Compilation ===

<code>
OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads -lfftw3"  --enable-bigdft --enable-exports --enable-fallbacks --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"

time make mj4
</code>

=== Installation ===

<code>
make install
TEMP=$PWD
cd /opt
[ -d abinit ] && rm -f abinit
ln -s abinit-7.6.4 abinit
</code>

=== Compilation & Installation des FallBacks ===

Les composants **linalg** et **bigdft** font péter la compilation. Ils en sont donc exclus sans ménagement !
<code>
cd $TEMP/fallbacks

CC=/usr/bin/gcc-4.7 CXX=/usr/bin/g++-4.7 FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-linalg=no --enable-bigdft=no

make 
make install
rsync -a $TEMP/fallbacks/exports/ /opt/abinit-7.6.4/
</code>
==== Sur machine 64 bits avec GPU Nvidia ====

=== Préparation (pas propre...) ===

Normalement, le ''configure'' permet de spécifier les localisations des différents composants, mais cela ne semble pas fonctionner. Autant recréer un dosser ''/tmp/cuda'' contenant l'arborescence vers tous les composants CUDA :<code>
mkdir /tmp/cuda
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu /tmp/cuda/lib64
ln -s /usr/include/ /tmp/cuda/include
ln -s /usr/bin /tmp/cuda/bin
</code>

=== Compilation ===

<code>
make distclean
OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4-cuda --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
make mj4
</code>

=== Installation ===

<code>
make install
TEMP=$PWD
cd /opt
cd $TEMP
</code>

==== Sur machine 64 bits, GPU Nvidia, librairie MAGMA ====

Par défaut, la librairie Magma est installée dans ''/opt/magma/lib'' et directement visible par le système : ''/etc/ld.so.conf.d/magma.conf'' avec ce chemin.

Pour l'installation de Magma sous Debian Wheezy, le CBP propose cette  [[developpement:activites:integration:magma4wheezy|documentation]].

=== Compilation ===

<code>
make distclean
OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4-magma --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor="custom+magma" --with-linalg-incs="-I/opt/magma/include" --with-linalg-libs="-L/opt/magma/lib -lmagma" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
make mj4
</code>

==== Sur une machine 32 bits ====

=== Compilation ===

<code>
OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/i386-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
time make mj4
</code>

=== Installation ===

<code>
make install
TEMP=$PWD
cd /opt
[ -d abinit ] && rm abinit
ln -s abinit-7.6.4 abinit
cd $TEMP
</code>

===== Exécution des tests =====

<code>
cd tests
make tests_bench
</code>

 --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2014/05/06 10:32//