developpement:activites:integration:lammps4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/05/23 11:13]
equemene [Compilation avec FFTW et OpenMPI]
+++ developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/11/11 04:20]
equemene [Activation des modules]
@@ Ligne 12: / Ligne 12: @@
 <code>
-apt-get install
+apt-get install gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev
 </code>
-===== Téléchargement & préparation =====
+===== Téléchargement  =====
 <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note>
@@ Ligne 30: / Ligne 30: @@
 make
 </code>
+===== Préparation des librairies connexes  =====
   - Préparer les librairies complémentaires :<code>
 # Compilation de la librairie MEAM
@@ Ligne 61: / Ligne 64: @@
 </code>
+===== Activation des modules =====
   - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src
 # activation de tous les modules
@@ Ligne 71: / Ligne 77: @@
 make no-user-reaxc
 make no-kim
+make no-user-omp
 </code>
 ===== Compilation basique=====
+=== Preparation de la librairie ATC couplée  ===
 <code>
-# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
 cd $LAMMPSROOT/lib/atc
 sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
@@ Ligne 82: / Ligne 91: @@
 make -f Makefile.serial
 </code>
+=== Compilation avec MPI ===
 <code>
@@ Ligne 94: / Ligne 105: @@
 ===== Compilation avec FFTW  =====
-Installation préliminaire
+=== Installation préliminaire ===
 <code>
-sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
+sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev
 </code>
-Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+=== Préparation du Makefile ===
+<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
 cp Makefile.serial Makefile.fftw
-sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw
-sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.fftw
 </code>
-Compilation
+=== Compilation ===
 <code>cd $LAMMPSROOT/src
 make fftw</code>
@@ Ligne 112: / Ligne 127: @@
 ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI =====
-Installation préliminaire
+=== Installation préliminaire ===
 <code>
 sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
-sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
+sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev
 </code>
-Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code># Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
+=== Préparation du Makefile pour ATC ===
+<code># Preparation de la librairie ATC couplée avec MPI
 cd $LAMMPSROOT/lib/atc
 cp Makefile.serial Makefile.mpic++
 sed -i "s/g++/mpic++.openmpi/g" Makefile.mpic++
 sed -i "s/\-fpermissive/-fpermissive\ \-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK/g" Makefile.mpic++
 make -f Makefile.mpic++ clean
 make -f Makefile.mpic++
 </code>
-Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+=== Préparation du Makefile pour Lammps ===
-mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig
-wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi</code>
+<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+sed -i "s/\-lfftw/\-lfftw3/g" Makefile.openmpi</code>
-Compilation
+=== Compilation ===
 <code>cd $LAMMPSROOT/src
 make openmpi</code>

developpement/activites/integration/lammps4wheezy.txt · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)

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